The Solr indexing can be customized to include or exclude only selected qualifiers. Listing all qualifiers stored in the database may help you with your decision on which qualifiers to include or exclude. To list marker qualifiers, run:

PS> list marker_qualifier


┌───────────────────────────────────────────┐
│ [##]  QUALIFIER                 #ENTRIES  │
├───────────────────────────────────────────┤
│  [0]  AA_#                        278,389 │
│  [1]  AF_ESP                      151,238 │
│  [2]  AF_EXAC                     253,131 │
│  [3]  AF_TGP                      177,005 │
│  [4]  ALLELEID                    784,691 │
│  [5]  Alignment end on query           18 │
│  [6]  Alignment length                 18 │
│  [7]  Alignment start on query         18 │
│  [8]  BB_#                        278,389 │
...
│ [47]  Variant_seq               1,090,836 │
│ [48]  alleles                   3,111,022 │
│ [49]  coverage                      5,045 │
│ [50]  evalue                           18 │
│ [51]  identity                      5,045 │
│ [52]  indels                        5,045 │
│ [53]  matches                       5,045 │
│ [54]  mismatches                    5,045 │
│ [55]  reference_peptide            55,234 │
│ [56]  unknowns                      5,045 │
│ [57]  variant_peptide              55,234 │
└───────────────────────────────────────────┘

Type the line [number] to find map sets that use the selected qualifier (ENTER to skip): 

If you are interested in listing map sets where a particular qualifier is used, type the corresponding line number:

Type the line [number] to find map sets that use the selected qualifier (ENTER to skip): 18
Marker qualifier Category:

┌──────────────────────────────────────────────────┐
│ MAP_SET_ID  ACCESSION         #MAPPINGS  EXAMPLE │
├──────────────────────────────────────────────────┤
│ 21          IWGSCv1.0           278,113  CRBT    │
│ 24          CS_Renan_Genetic     83,721  CRBT    │
│ 25          RH_MAPS               8,508  CRBT    │
│ 195         IWGSCv2.1           248,688  CRBT    │
└──────────────────────────────────────────────────┘

The example values shown on the right represent the shortest possible values. To list all unique qualifier values use the MAP_SET_ID with the command:


Marker qualifiers with example values for map set:/Homo sapiens/GRCh38


┌─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ [##]  QUAL_NAME     #ENTRIES  EXAMPLE                                                   │
├─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┤
│  [0]  AF_ESP          94,879  0.00008                                                   │
│  [1]  AF_EXAC        165,956  0.00000                                                   │
│  [2]  AF_TGP         110,416  0.00000                                                   │
│  [3]  ALLELEID       441,959  100000                                                    │
│  [4]  CLNDISDB       441,506  .                                                         │
│  [5]  CLNDISDBINCL     1,104  .                                                         │
│  [6]  CLNDN          441,506  17-Beta-Hydroxysteroid_Dehydrogenase_III_Deficiency       │
│  [7]  CLNDNINCL        1,104  2-aminoadipic_2-oxoadipic_aciduria                        │
│  [8]  CLNHGVS        441,959  NC_000001.11:g.100007096A>C                               │
│  [9]  CLNREVSTAT     441,959  criteria_provided,_conflicting_interpretations            │
│ [10]  CLNSIG         441,506  Affects                                                   │
│ [11]  CLNSIGCONF      40,857  Benign(1)                                                 │
│ [12]  CLNSIGINCL       1,104  101229:Pathogenic                                         │
│ [13]  CLNVC          441,959  Deletion                                                  │
│ [14]  CLNVCSO        441,959  SO:0000159                                                │
│ [15]  CLNVI          156,293  ACBD5_@_LOVD:ACBD5_00001|OMIM_Allelic_Variant:616618.0001 │
│ [16]  CutFrom         58,684  1                                                         │
│ [17]  CutPos          58,684  100000001                                                 │
│ [18]  DBVARID            126  nsv1067832                                                │
│ [19]  GENEINFO       441,818  A2M:2|KLRG1:10219                                         │
│ [20]  ID             441,959  10                                                        │
│ [21]  MC             440,537  SO:0001574|splice_acceptor_variant                        │
│ [22]  ORIGIN         436,404  0                                                         │
│ [23]  RS             441,061  10000                                                     │
│ [24]  alleles        708,006  A/C                                                       │
└─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘


Type the line [number] to print all values for selected qualifier (ENTER to skip): 13
Marker qualifier CLNVC:
single_nucleotide_variant
Duplication
Indel
Deletion
Insertion
Inversion
copy_number_loss
Variation
Microsatellite
copy_number_gain

total:441,959 values    (distinct:10)

Now you should have more information that will help you decide whether a qualifier is worth to be indexed for search or not.